@habiaunajes@mastodon.social creo que ya te dieron muy buenas opciones, pero en caso de que busques una herramienta más orientada a la investigación, yo uso Logseq. Es una app de toma de notas, pero desde ahí puedes subrayar y trabajar con archivos de texto que queden vinculados a secciones específicas de tus PDFs https://logseq.com/